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海草床生態系
猶如海洋熱帶雨林，由繽紛的珊瑚群聚建構複雜的海洋棲地，其間生活著多樣且獨特的珊瑚礁魚類、軟體動物、甲殼動物。悠游於大洋之中的檸檬鯊則是東沙環礁的常客，在這裡出現生態食物網的高級消費者，展現了東沙環礁生態系之健全。
水韭菜
偏好生長在水較深且水流較強勁的亞潮帶，較少出現在潮間帶淺海域。東沙島的水韭菜主要分布在南岸，呈區塊，在北岸與東岸則和其他種海草混生，小潟湖內與東沙島西岸潟湖口則不見水韭菜的蹤跡。
卵葉鹽草
屬於海草床生態系先驅物種，是東沙海域最細小的海草，地下莖橫向生長快速，拓殖速度快，常出現在其他種海草床的邊緣地帶，或者在沙地區單獨出現。
泰來草
東沙島四周沿岸海域皆有分布，以小潟湖內和東沙島西岸潟湖口有較廣分布，為當地海域優勢海草，其餘區域則和其他種海草混生。由於地下部發達且葉鞘容易累積有機物質，因此泰來草生長底質的有機物含量亦較高。
犁鰭檸檬鯊
俗稱「檸檬鯊」，幼魚經常在東沙島周圍的海草床出沒捕獵，特別是在小潟湖附近。檸檬鯊扁平的頭部使其在海草床中活動自如，而發達的感覺器官則能很有效率地進行捕獵。其頭部有能夠感受30-50公尺低頻震動的「勞倫氏壺腹」；此外，夜間能感知弱光，同時具有電場偵測能力，即使睡眠中或隱藏於沙泥地的魚也逃不過它的偵測。
仙后水母
俗稱倒立水母，棲息在陽光充足且海流干擾小的淺海域。與一般的水母不同，觸手具有共生藻能行光合作用，因此仙后水母平常不太游動，大多都傘頂朝下，觸手朝水面，靜靜地躺在底質上對著陽光，若遭受攻擊會釋出刺絲胞後游走。
黑星寶螺
主要棲息於岩礁或珊瑚碉海域的潮間帶至淺海，少部分生活於較深的海域。多為夜行性，主要以海藻、海綿、小型附著生物或海底的有機物質為食。
