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珊瑚生態系
猶如海洋熱帶雨林，由繽紛的珊瑚群聚建構複雜的海洋棲地，其間生活著多樣且獨特的珊瑚礁魚類、軟體動物、甲殼動物。悠游於大洋之中的檸檬鯊則是東沙環礁的常客，在這裡出現生態食物網的高級消費者，展現了東沙環礁生態系之健全。
紅扇珊瑚
珊瑚群體分枝延展成一平面，主幹的節間稍膨大，但在分枝上則不明顯。珊瑚蟲分布在分枝的側面和前面，呈白色或透明。珊瑚體呈橙紅色，主軸紅色，珊瑚蟲所在的萼部則為黃色。
小叢軸孔珊瑚
珊瑚群體呈小叢形，由圓柱形分枝構成；軸珊瑚孔大而明顯，隔片二環；側珊瑚孔圓管形，開口圓形，大小一致，分布均勻，共骨上有均勻分布的小刺。生殖型式為雌雄同體、排放型。生活群體呈黃褐或淡褐色，主軸頂端珊瑚蟲呈黃或紫色。
花環肉質軟珊瑚
珊瑚群體呈蕈狀，頭冠部直徑遠大於柱部，邊緣具有規則的皺褶。表層骨針呈棒形，近中央處有一環突起； 內部骨針呈紡錘形，具有二環突起。生活群體呈金黃或黃褐色。
皺褶繩紋珊瑚
珊瑚群體為薄而不規則的葉片形， 表面常有直立、扇形或形狀不規則的分枝，多種不同的生長形態可能同時出現於單一大型群體。生長良好的群體往往有分枝狀結構。扁平的群體表面常會有同心圓狀的生長線；珊瑚孔排列呈扭曲的繩紋形，自葉形群體的中心，斷續相連，呈輻射伸展，並與邊緣垂直。
小丑魚
棲息於水深60公尺以內的潟湖或外礁斜坡處，惟一般以淺水域為多。海葵魚皆以特定的海葵群體為棲所，和海葵之間行共生生活。海葵魚體表黏液可保護自己不被海葵的刺細胞所傷害。日行性；成群棲生於海葵群體，組成母系社會：魚群中體型最大的為雌魚，次大的為雄魚，其它則為無生殖能力的中成魚或小魚。當雌魚消失(如死亡)時，雄性會變性成為雌魚，而中成魚之階層最高者遞補成雄魚。克氏海葵魚分布範圍廣，可與十種海葵形成共生，為共生海葵種類最多的海葵魚。
橫帶唇魚
棲息於60公尺以內的珊瑚礁海域，尤其是潟湖或沿岸礁沙混合區;小魚多出現在藻類豐富的礁岩和泥沙交界處。
