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綠毯般的大片短草地是主要島嶼的生態景觀，大型植物多為叢聚於山坡上的林投灌叢、仙人掌。雖然植物種類不多，澎湖南方四島國家公園卻擁有6種臺灣特有種，包括澎湖決明、澎湖爵床（密毛爵床）、臺西大戟、臺灣耳草、臺灣虎尾草與絹毛馬唐。