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過去曾經是各國漁民眼中重要魚場的東沙島，擁有發展完整的珊瑚環礁，但是長年過度捕撈嚴重破壞了生態，為保護這特殊的自然、人文、生態景觀，民國96年10月4日正式成立「海洋國家公園管理處」，統籌管理東沙環礁國家公園及澎湖南方四島國家公園，為台灣海洋邁向永續經營的重要裏程碑。

國家公園地設立，能讓東沙島與澎湖南方四島周邊海域珍貴自然與人文資源收到重視與呵護，展開生態保育、建構友善生態環境，推動綠色旅遊打造生態島嶼，使這永恆資產世世代代永續共享。